സി.പി.എം സംസ്ഥാന സെക്രട്ടറിയായി കോടിയേരി തുടരും. സെക്രട്ടറി പദവിയില് ഇതു മൂന്നാമൂഴമാണ് കോടിയേരിക്ക്. സംസ്ഥാന കമ്മിറ്റിയില് നിന്ന് ജി. സുധാകരനെ ഒഴിവാക്കി. കമ്മിറ്റിയിലേക്ക് പരിഗണിക്കരുതെന്നാവശ്യപ്പെട്ട് സുധാകരന് നേതൃത്വത്തിന് കത്ത് നല്കിയിരുന്നു. സുധാകരന് അടക്കം 13 പേരെ സംസ്ഥാന കമ്മിറ്റിയില് നിന്നും ഒഴിവാക്കി. ജോണ് ബ്രിട്ടാസ്, ചിന്ത ജെറോം, വി.പി സാനു എന്നിവര് കമ്മിറ്റി അംഗങ്ങളാകും.
സി.പി.എമ്മിലെ സൗമ്യമുഖമെന്ന് അറിയപ്പെടുന്ന കോടിയേരി പാര്ട്ടി പ്രതിസന്ധിയില് ആയപ്പോഴൊക്കെ മുന്നില് നിന്ന് നയിച്ച നേതാവ് കൂടിയാണ്. കേരളത്തിലെ സി.പി.എം പ്രവര്ത്തകര്ക്ക് കോടിയേരി എന്നത് കേവലം ഒരു സ്ഥല നാമമല്ല. മറിച്ച് പോരാട്ടങ്ങളിലൂടെ ഉരുവം ചെയ്തെടുത്ത വിപ്ലവ കാരിയുടെ പേരാണ്. എന്നാല് വ്യക്തി ജീവിതത്തിലും രാഷ്ട്രീയ ജീവിതത്തിലും വിവാദങ്ങളും കോടിയേരിക്ക് കൂടെപ്പിറപ്പായിരുന്നു അപ്പോഴൊക്കെ അതിനെ മറികടന്ന് തിരിച്ച് വന്ന ചരിത്രമാണ് കോടിയേരി ബാലകൃഷ്ണനുള്ളത്.
ഇത്തവണയും ആ ചരിത്രം ആവര്ത്തിക്കുകയാണ്. 1970 ല് വിദ്യാര്ഥി സംഘടനാ പ്രവര്ത്തനത്തിലൂടെയാണ് രഷ്ട്രീയ ജീവിതത്തിന്റെ തുടക്കം. എസ്.എഫ്.ഐ സംസ്ഥാന സെക്രട്ടറി, അഖിലേന്ത്യ ജോ സെക്രട്ടറി എന്ന നിലയില് പ്രവര്ത്തിച്ചു തുടര്ന്ന് ഡി.വൈ എഫ് നേതൃത്വത്തിലേക്ക് . 82 മുതല് 2002 വരെ തലശ്ശേരിയില് നിന്ന് നിയമസഭയിലേക്ക് തെരഞ്ഞെടുക്കപ്പെട്ടു. 2006 ല് വി.എസ് മന്ത്രിസഭയിലെ ആഭ്യന്തര വകുപ്പ് മന്ത്രി. ആലപ്പുഴ സമ്മേളനത്തില് ആദ്യമായി സംസ്ഥാന സെക്രട്ടറി പദവിയിലെത്തി .
രണ്ട് ടേമുകളിലായി സംസ്ഥാന സെക്രട്ടറി പദവിയിലിരിക്കെ മക്കളായ ബിനീഷും ബിനോയിയും ഉള്പ്പെട്ട വിവാദങ്ങളായിരുന്നു കോടിയേരിക്ക് എക്കാലത്തും തലവേദന സൃഷ്ടിച്ചത്. അതിനൊപ്പം ഗുരുതര ആരോഗ്യ പ്രശ്നങ്ങളും ഉണ്ടായതോടെ 2020 ല് 11 മാസത്തോളം സെക്രട്ടറി സ്ഥാനത്ത് നിന്നും മാറി നിന്നു .അപ്പോഴൊക്കെ പാര്ട്ടിയിലെ രണ്ടാമനെ കൈ പിടിച്ച് സംരക്ഷിച്ചത് പിണറായി വിജയനായിരുന്നു. ആ കരുതല് തന്നെയാണ് എതിര് ശബ്ദങ്ങള് ഇല്ലാതെ മൂന്നാം തവണയും കോടിയേരിയെ പാര്ട്ടി സെക്രട്ടറി പദത്തിലേക്ക് തെരഞ്ഞെടുത്തത്.